1
گروه آمار زیستی دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
2
دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
3
گروه علوم پایه دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
چکیده
مقدمه و هدف: در سالهای اخیر، فناوری ریزآرایهی DNA نقش اساسی در تحقیقات ژنومی داشتهاست. با استفاده از این فناوری که امکان آنالیز همزمان سطوح بیان هزاران ژن را در شرایط مختلف فراهمآوردهاست، به حجم انبوهی از دادهها دستمییابیم. روشهای کلاسیک خوشهبندی نظیر روشهای سلسلهمراتبی و غیرسلسلهمراتبی، روشهایی مناسب برای تحلیل اینگونه دادهها هستند اما محدودیتهایی نیز دارند. در این روشها فرض بر آن است که یک ژن یا یک شرایط آزمایشی را تنها میتوان به یک خوشه منتسبکرد و یک ژن، متعلق به گروهی از ژنهاست که با هم، تحت همه شرایط آزمایشی تنظیم میشوند. بنابراین بهمنظور رفع این کاستیها از روشهای خوشهبندی دوبعدی استفادهمیشود. هدف از این پژوهش، بررسی کارآیی یک روش خوشهبندی دوبعدی در تحلیل دادههای بیان ژنی مخمر است. مواد و روشها: در این پژوهش، دادههای بیان ژنی مخمرِ Saccharomyces cerevisiae گسچ و همکاران (2000) با استفاده از روش خوشهبندی دوبعدی (LAS Large Average Submatrices) تحلیلشدهاند. مجموعه دادهها، 173 شرایط آزمایشی مختلف و مجموعهای از 2993 ژن را دربرگرفته و برای تحلیل دادهها از نرمافزارهای LAS، JMP < /span> و GOAL استفادهشدهاست. نتایج: نتایج نشانداد که روش LAS قادر است خوشههای دوبعدی مناسبی از دیدگاه آماری و زیستشناسی تولیدکند. نتیجهگیری: این مطالعه نشانمیدهد که میتوان با استفاده از روش LAS، زیرمجموعههایی از ژنها را با الگوهای بیان مشابه در زیرمجموعهای از شرایط آزمایشی شناساییکرد که از نظر زیستشناسی معنیدارند.
علویمجد, حمید, یونسپور, شیما, زایری, فرید, & رضایی طاویرانی, مصطفی. (1390). به کارگیری خوشهبندی دوبعدی با روش «زیرماتریسهای با میانگین- درایههای بزرگ» در دادههای بیان ژنی حاصل از ریزآرایههای DNA. دانشور پزشکی, 19(1), 11-20.
MLA
حمید علویمجد; شیما یونسپور; فرید زایری; مصطفی رضایی طاویرانی. "به کارگیری خوشهبندی دوبعدی با روش «زیرماتریسهای با میانگین- درایههای بزرگ» در دادههای بیان ژنی حاصل از ریزآرایههای DNA". دانشور پزشکی, 19, 1, 1390, 11-20.
HARVARD
علویمجد, حمید, یونسپور, شیما, زایری, فرید, رضایی طاویرانی, مصطفی. (1390). 'به کارگیری خوشهبندی دوبعدی با روش «زیرماتریسهای با میانگین- درایههای بزرگ» در دادههای بیان ژنی حاصل از ریزآرایههای DNA', دانشور پزشکی, 19(1), pp. 11-20.
VANCOUVER
علویمجد, حمید, یونسپور, شیما, زایری, فرید, رضایی طاویرانی, مصطفی. به کارگیری خوشهبندی دوبعدی با روش «زیرماتریسهای با میانگین- درایههای بزرگ» در دادههای بیان ژنی حاصل از ریزآرایههای DNA. دانشور پزشکی, 1390; 19(1): 11-20.
)