مقدمه و هدف: به کارگیری روش های پروتئومیک و پیشرفت پژوهش های با توان بالای پروتئین ها زمینه ساز نیاز به روش های تازه در تحلیل های بیوانفورماتیک نتایج آزمایشگاهی-شده است. تحلیل خوشه ای، روش آماری مناسبی است که می تواند در تحلیل این گونه داده ها، استفاده شود. هدف از این پژوهش، ارزیابی کارایی روش خوشه بندی فازی در تحلیل پروتئین های مرتبط با سرطان های دستگاه گوارش بوده است.     مواد و روش ها: در این پژوهش، پروتئین های شناسایی شده مرتبط با سرطان های مری، معده و کلون با استفاده از روش های خوشه بندی سلسله مراتبی و غیرسلسله مراتبی تحلیل و بررسی شدند. براساس هر یک از ابعاد هستی شناسی ژنی، پروتئین ها را خوشه بندی کرده، نتایج را با یکدیگر مقایسه کردیم.     یافته ها: نتایج به دست آمده نشان داد، عملکرد دو روش خوشه بندی سلسله مراتبی و تقسیم-بندی به یکدیگر نزدیک بوده است. با وجود چشمگیر نبودن عرض سایه نمای کل خوشه بندی ها، بیشتر پروتئین های در هر خوشه، دارای اشتراکات بیولوژیکی قابل توجهی هستند. نتایج به-دست آمده نشان می دهد، روش های خوشه بندی توانسته اند الگوهای تفسیری جدیدی را که قبل از خوشه بندی پروتئین ها مشخص نشده بودند، آشکار سازند.     نتیجه گیری: با بررسی نتایج حاصل از خوشه بندی PAM و خوشه بندی سلسله مراتبی، مشخص شد، نتایج این دو خوشه بندی بسیار مشابه یکدیگر هستند. شاید بتوان گفت، روش PAM به دلیل معرفی نماینده ای برای هر خوشه، موشکافانه تر عمل کرده، در حالی که روش سلسله مراتبی ساده تر بوده است. همچنین به نظر می رسد، پروتئین هایی که براساس تشابهات جایگاه سلولی در کنار یکدیگر قرار می گیرند، دارای تشابهات بیولوژیکی و عملکردی نیز هستند که باید این مسئله بیشتر بررسی شود.